Vodohospodářské laboratoře provádí analytické, fyzikálně-chemické, biologické a mikrobiologické zkoušky vod, výluhů, plavenin, sedimentů, půd, kalů a biologického materiálu. Laboratoře zajišťují i vzorkování pitných, povrchových, podzemních, odpadních vod a vod ke koupání, pevných matric přírodního původu (např. sediment, kal, zemina, plavenina, odpad – sedimenty ukládané na skládky, řasy, sinice, makrozoobentos, fytobentos, makrofyta).