Manipulace na každém vodním díle probíhá podle tzv. manipulačního řádu, schváleného vodoprávním úřadem, jsou v něm uvedena pravidla a zásady, podle kterých se manipuluje.
V zimním období dochází zpravidla ke snížení hladiny na vodním díle v závislosti na aktuálním stavu zásob vody ve sněhu a hladina se upravuje také podle aktuální předpovědi Českého hydrometeorologického ústavu, která je však krátkodobá pouze na 48 hodin. Je nutné však vzít do úvahy také ostatní funkce vodního díla, jako je nalepšování průtoků pod vodním dílem, odběry vody, výrobu elektrické energie apod.
Vodní nádrže za povodňových průtoků již mnohokrát osvědčila svoji funkci a výrazně napomohla snížení povodňových průtoků pod těmito díly.