Po snížení hladiny přehrady na kótu 219 m m. n. budou realizována opatření, jejichž cílem je podpořit navrácení přirozené rovnováhy do ekosystému přehrady:
- Aerace (dodání kyslíku do vodního prostředí)
Cílem je podpořit rozklad organických látek v sedimentech a vytvořit tak prostředí, ve kterém dojde k potlačení dominance sinic. Aerační technologie bude v provozu po dobu několika let.
- Lokální těžba sedimentů
Usazeniny se budou těžit pouze ve 2 lokalitách, a to v zátoce Sokolského koupaliště a v Rokli, neboť právě zde dosahují koncentrace zárodků sinic nejvyšších hodnot.
- Aplikace biopreparátů na obnažené sedimenty
Cílem je dodání speciálně vybraných mikroorganismů do sedimentů, které se účinně podílejí na urychlení procesu mineralizace a snížení nadbytečných živin ve vodní nádrži.
- Úprava rybí obsádky
Před opětovným napuštěním nádrže bude rybí obsádka upravena směrem k většímu zastoupení dravých ryb.
Konkrétní načasování jednotlivých opatření bude záviset na výsledcích průběžného monitoringu stavu nádrže a na aktuálních klimatických podmínkách.
Projekt zahrnující výše uvedená opatření na Brněnské přehradě získal v březnu 2009 finanční podporu z evropských fondů ve výši zhruba 160 milionů Kč. Opatření na Brněnské přehradě jsou však jen částí aktivit směřujících k vyčištění povodí Svratky.