Dne 4. června 2009 v 7:00 hodin bylo zahájeno plynulé snižování hladiny na VD Brno. Termín zahájení upouštění byl stanoven po dohodě se společností ČEZ, která od počátku června prováděla generální opravu malé vodní elektrárny Brno. Upouštění tedy bylo zahájeno tak, aby nezpůsobilo finanční ztráty provozovateli elektrárny, ani neohrozilo úspěšný průběh ohňostrojného festivalu Ignis Brunensis.
Snižování bylo prováděno špičkovým provozem malé vodní elektrárny Brno do 8. června 2009. Průměrný denní pokles hladiny v nádrži byl cca 10-20 cm. V dalších dnech byla ke snižování hladiny použita pouze spodní výpust umístěná v hrázi, malá vodní elektrárna Brno byla již mimo provoz z důvodu rekonstrukce. Denní pokles hladiny byl v průměru 20-30 cm za den. Snížení hladiny na nejnižší kótu se předpokládá za cca 15-20 dnů.
Hladina Brněnské přehrady bude postupně snižována až na kótu 219 m n. m., což představuje snížení hladiny o dalších 5 m oproti současnému stavu, resp. 10 m pod běžnou výšku hladiny v letních měsících. Důvodem snížení hladiny je obnažení co největší plochy dna – předpokládá se obnažení až 130 hektarů sedimentů. Na obnažené usazeniny budou aplikovány přírodě blízké preparáty (tzv. biopreparáty), které podpoří přirozené procesy mineralizace. Díky mineralizaci budou živiny obsažené v sedimentech vázány do jiných struktur, ze kterých se pak nebudou tak snadno uvolňovat zpět do vodního sloupce, kde se stávají hlavní potravou pro přemnožené sinice.
Snížení hladiny o 10 m na kótu 219 m n. m. je maximální možné z důvodu bezpečnosti samotného vodního díla a biologického zajištění nádrže a toku Svratky pod přehradou. Poprvé za téměř sedmdesátiletou historii přehrady bude hladina takto výrazně snížena. Brňanům se tak od června naskytne unikátní pohled na původní široké údolí Svratky.
Tato manipulace na nádrži je prováděna v rámci projektu „Čisté povodí Svratky“, který slouží k vyřešení dlouhotrvající špatné kvality vody v přehradních nádržích Brno a Vír vlivem přemnožených sinic – cyanobakterií.
Aktuální stav hladiny: VD Brno